Jure Krišto rođen je u Stipanjićima kraj Duvna, danas Tomislavgrad. Nakon osnovne škole u rodnome mjestu, završio je klasičnu gimnaziju u Bolu te studij filozofije na Dominikanskoj školi za filozofiju i teologiju u Dubrovniku. Magisterij iz teologije stekao je 1970. godine na College dominicain u Ottawi, Kanada. Prvu doktorsku disertaciju "Joseph Marechals Psychology of Mvsticism" obranio je 1979. godine na katoličkome sveučilištu Notre Dame u Sjedinjenim američkim državama. Doktorska mu je diploma nostrificirana 1980. na Filozofskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, Odsjek za filozofiju. Drugi put je doktorirao na Odsjeku za povijest Sveučilišta u Zagrebu disertacijom "Katolička crkva u hrvatskoj politici 1850-1918."
Od 1978. do 1990. Krišto je predavao na nekoliko američkih sveučilišta, objavljivao je članke i sudjelovao na znanstvenim skupovima.
Kao dobitnik stipendije američke organizacije International Research and Exchanges (IREX), dr. Krišto je tijekom školske godine 1990./91. u Zagrebu istraživao društvenu i političku ulogu Katoličke crkve u Hrvatskoj na početku XX. stoljeća. Godine 1991. vraća se u Hrvatsku da bi vodio projekt "Katolička crkva u političkome životu Hrvata u XIX. i XX. stoljeću" na Institutu za suvremenu povijest (sada Hrvatski institut za povijest). Godine 1992. postao je glavnim i odgovornim urednikom "Časopisa za suvremenu povijest" istoga Instituta. S promjenom Zakona o znanosti, 1993. postao je direktorom znanstvenoistraživačkoga programa "Povijest političke misli i političkih stranaka u Hrvata od XVIII. do XX. stoljeća" na istome Institutu.
Dne 22. prosinca 2005-, dr. Krišto je izabran na znanstveno radno mjesto Znanstveni savjetnik - trajno zvanje.
Dr. Krišto je autor nekoliko knjiga: Prešućena povijest, 1994.; Katolička crkva u totalitarizmu, 1998.; Katolička crkva i Nezavisna Država Hrvatska, 1998., u dva sveska; Hrvatski katolički pokret, 2005. te brojnih članaka u časopisima u Hrvatskoj i drugdje.
Nakon odlaska u mirovinu, Znanstveno vijeće Hrvatskog instituta za povijest izabralo ga je za zaslužnoga znanstvenika (emeritusa).